Abstract The resources and platforms available on the internet for collecting and sharing information and performing genomic sequence analysis have made it possible to follow closely the evolution the evolution of SARS-CoV-2. However, the current monkeypox outbreak in the world brings us back to the need to use these resources to appraise the extent of this outbreak. The objective of this work was an analysis of the information presented so far in the genomic database GISAID EpiPox™, using various tools available on the web. The results indicate that the monkeypox outbreak is referred as MPXV clade II B.1 lineage and sub-lineages, isolated from male patients mainly from the European and American continents. In the current scenario, the access to genomic sequences, epidemiological information, and tools available to the scientific community is of great importance for global public health in order to follow the evolution of pathogens.

Resumen Los recursos y plataformas disponibles en Internet para recopilar, compartir información y realizar análisis de secuencias genómicas han permitido seguir de cerca la evolución del SARS-CoV-2. El actual brote global de viruela del mono en el mundo, requiere de nuevo utilizar estos recursos para conocer el alcance de este brote. El objetivo de este trabajo fue un análisis de la información presentada hasta el momento en la base de datos genómica EpiPox™ de GISAID, utilizando diversas herramientas disponibles en la web. Los resultados indican que el brote de la viruela del mono o símica está referido al linaje y sub-linajes B.1 del clado II de MPXV, aislado principalmente de pacientes hombres de Europa y América. En el escenario actual, el acceso a las secuencias genómicas, la información epidemiológica, y las herramientas disponibles para la comunidad científica son de gran importancia para la salud pública mundial con el fin de seguir la evolución de los patógenos.

Abstract By the end of 2021, the Omicron variant of SARS-CoV-2, the coronavirus responsible for COVID-19, emerges, causing immediate concern, due to the explosive increase in cases in South Africa and a large number of mutations. This study describes the characteristic mutations of the Omicron variant in the Spike protein, and the behavior of the successive epidemic waves associated to the sub-lineages throughout the world. The mutations in the Spike protein described are related to the virus ability to evade the protection elicited by current vaccines, as well as with possible reduced susceptibility to host proteases for priming of the fusion process, and how this might be related to changes in tropism, a replication enhanced in nasal epithelial cells, and reduced in pulmonary tissue; traits probably associated with the apparent reduced severity of Omicron compared to other variants.

Resumen A finales de 2021 surge la variante Omicron del SARS-CoV-2, el coronavirus responsable de la COVID-19, causando preocupación inmediata, debido al aumento explosivo de casos en Suráfrica, y a su gran cantidad de mutaciones. Este estudio describe las mutaciones características de la variante Ómicron en la proteína de la Espiga (S) y el comportamiento de las sucesivas olas epidémicas asociadas a la circulación de sus sub-linajes en todo el mundo. Las mutaciones en la proteína S descritas están relacionadas con su capacidad para evadir la protección provocada por las vacunas actuales, así como su posible susceptibilidad reducida a las proteasas del hospedero para la preparación del proceso de fusión. Se infiere cómo esto podría estar relacionado con su cambio en el tropismo, con una replicación mayor en las células epiteliales nasales y menor en el tejido pulmonar, rasgos probablemente asociados a su aparente menor gravedad en comparación con otras variantes.

Abstract By the end of 2021, the Omicron variant of concern (VOC) emerges in South Africa. This variant caused immediate concern, due to the explosive increase in cases associated with it and the large number of mutations it exhibits. In this study, the restriction sites that allow detecting the mutations K417N and N440K in the Spike gene are described. This analysis allows us to propose a rapid method for the identification of cases infected with the Omicron variant. We show that the proposed methodology can contribute to provide more information on the prevalence and rapid detection of cases of this new VOC.

Resumen Para finales de 2021 surge la variante de preocupación (VOC por sus siglas en inglés) Ómicron en Sudáfrica. Esta variante causó de forma inmediata preocupación, debido al aumento explosivo de casos asociados a ella y al gran número de mutaciones que exhibe. En este estudio, se describen los sitios de restricción que permiten detectar dos de estas mutaciones en el gen de la espiga, las mutaciones K417N y N440K. Este análisis permite proponer un método rápido para la identificación de casos infectados con la variante Ómicron. Mostramos que la metodología propuesta puede contribuir a proporcionar más información sobre la prevalencia y a detectar rápidamente los casos de esta nueva VOC.

El virus chikungunya (CHIKV) es un Alfavirus causante de la fiebre chikungunya (CHIKF). En Venezuela, una región desprovista de inmunidad contra CHIKV y con presencia de Aedes aegypti y Aedes albopictus, el primer caso importado fue reportado por las autoridades sanitarias en junio de 2014. Por la relevancia del hecho, se analizaron 94 muestras de pacientes febriles que acudieron a los centros de salud públicos y privados del estado Aragua entre enero y diciembre de 2014, mediante la detección de los fragmentos de los genes nsP4 (Alfavirus) y E1 (CHIKV) utilizando técnicas moleculares, como Transcripción Reversa acoplada a Reacción en Cadena de la Polimerasa (RT-PCR) y/o secuenciación nucleotídica. Los resultados indicaron positividad en 19,2 % de las muestras analizadas. Se vieron afectados pacientes con edades entre 6 y 66 años, con predominio del sexo femenino (12/18). Clínicamente, todos los pacientes positivos a CHIKV manifestaron signos y síntomas asociados a CHIKF, tales como fiebre (18/18), artralgia (18/18) y erupción (16/18), entre otros. A pesar de que la positividad puede considerarse baja con relación a lo reportado en otras comunidades, este estudio representa el primer reporte local de detección molecular de CHIKV en Venezuela (estado Aragua) durante el año 2014.

Chikungunya virus is an Alphavirus that causes chikungunya Fever (CHIKF). In Venezuela, a region devoid of immunity against CHIKV and presence of Aedes aegypti and Aedes albopictus. The first imported case was reported by health authorities in June 2014. The relevance of the fact, 94 samples of febrile patients who came to the centers of public and private health Aragua state between january and december for detection of the nsP4 (Alphavirus) and E1 (CHIKV) fragments were analyzed by molecular techniques (Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction and/or nucleotide sequencing). The results showed 19.2 % of positivity by CHIKV. Clinically all CHIKV positive patients showed signs and symptoms related with CHIKF, such as fever (18/18), arthralgia (18/18) and rash (16/18), among others. Were affected patients between the ages of 6 and 66 years with a predominance of the female sex (12/18). Although the positivity may be considered low compared to those reported in other communities, this represents the first local report of molecular detection of CHIKV in Venezuela (Aragua state) during 2014.

Estudios previos han demostrado que la adaptación de diversos virus a crecer en líneas celulares de vertebrados, conduce a la selección de variantes virales que unen al heparán sulfato (HS) con alta afinidad. En el presente trabajo se determinó la susceptibilidad de cepas del virus dengue (DENV) a la heparina hipersulfatada un análogo al HS, después de pases seriados en células BHK-21. A aislados de campo de los cuatro serotipos de DENV, se les realizaron ocho pases seriados en células BHK-21. La adaptación de los DENV al cultivo celular seleccionó variantes virales con una aumentada capacidad replicativa en células BHK-21 y una incrementada susceptibilidad a la heparina, en relación a las respectivas cepas no adaptadas, obteniéndose una inhibición de la infectividad más significativa en DENV-2 y DENV-4. Las cepas de DENV adaptadas presentaron cambios en la secuencia de aminoácidos de la proteína de envoltura (E), en particular una substitución K204R para DENV-1, N67K para DENV-2, K308R y V452A para DENV-3 y E327G para DENV-4. Estas sustituciones implicaron ganancia de residuos básicos que incrementaron la carga neta positiva de la proteína. Los resultados sugieren, que la adaptación de cepas de DENV a células BHK-21 selecciona variantes virales sensibles a la heparina y que la efectividad de este compuesto varía dependiendo de la cepa viral. Además sugieren que el HS puede jugar un papel importante en la infectividad de las cepas de DENV adaptadas al cultivo celular, a diferencia de los aislados de DENV no adaptados.

Several studies have shown that adaptation of various viruses to grow in certain cell lines of vertebrates, leads to the selection of virus variants that bind heparan sulfate (HS) with high affinity. In this study we investigated the susceptibility of strains of dengue virus (DENV) to oversulfated heparin an analogue of HS after passages in BHK-21 cells. Field isolates of the four serotypes of DENV with a limited number of passes in mosquito cells C6/36HT were serially passaged eight times in BHK-21 cells. The adaptation of the DENV to the cell culture selected viral variants with an increased replicative capacity in BHK-21 cells and an increased susceptibility to heparin compared with the original not adapted strains, with a more significant inhibition of the infectivity in DENV-2 and DENV-4.The E protein of the adapted strains showed changes in the amino acid sequence, particularly at the position K204R to DENV-1, N67K to DENV-2, K308R and V452A for DENV-3 and E327G to DENV-4. These substitutions implicated a gain of basic residues that increased the net positive charge of the protein. These results suggest that adaptation of DENV strains to BHK-21 cells implies changes in the envelope protein, changes associated to the protein reactivity with heparin, the inhibitory effectiveness of this compound varying depending on the viral strain. In addition, these results suggest that the HS can play an important role in the infectivity of the DENV strains adapted to vertebrate cell culture, but not in the infectivity of non-adapted DENV isolates.

En un estudio realizado en 1984 en la Maternidad "Concepción Palacios", Pérez-Schael y col. detectaron excreción asintomática de rotavirus en el 56% de los recién nacidos evaluados. El objetivo de este trabajo fue estudiar la infección por rotavirus en neonatos de la Maternidad y comparar datos con aquellos obtenidos anteriormente. Además, se investigó la presencia de calicivirus en dicha población. Entre agosto y diciembre de 2004, se recolectaron 307 muestras de heces provenientes de 215 neonatos sanos. Para la detección de los agentes virales se utilizaron ensayos tipo ELISA comerciales y no comerciales. Estos ensayos identificaron como positivas a rotavirus y calicivirus a un total de 14 y 58 muestras, respectivamente. Sin embargo, al realizar pruebas para corroborar la presencia de rotavirus por microscopia electrónica, EGPA y RT-PCR y para calicivirus por RT-PCR, ninguna de las muestras señaladas como positivas pudo ser confirmada. Estos resultados sugieren la no-circulación tanto de rotavirus como de calicivirus dentro de la Maternidad. Es posible que la interrupción de la transmisión de rotavirus dentro de la Institución pueda deberse a cambios en el manejo del par madre-neonato introducidos en la Maternidad desde 1995, promovidos por la OMS y UNICEF.

In a study carried out in 1984 at the "Concepción Palacios" Maternity Hospital, Perez-Schael et al (J Med Virol 1984, 14:127) detected asymptomatic excretion of rotavirus in 56% of the neonates evaluated. The purpose of this work was to study rotavirus infection in neonates at the Maternity Hospital and compare the new data with those previously obtained. We also studied calicivirus presence in said population. Between August and December 2004, 307 feces samples were collected from 215 healthy neonates. Commercial and non commercial ELISA type assays were used for detection of viral agents. These assays identified a total of 14 and 58 samples as rotavirus and calicivirus positive respectively. Nevertheless, when carrying out tests to corroborate rotavirus presence with electron microscopy, EGPA and RT-PCR, and for calicivirus with RT-PCR, none of the samples previously shown as positive could be confirmed. These results suggest the non-circulation of both rotavirus and calicivirus within the Maternity Hospital. It is possible that the interruption of rotavirus transmission within this Institution could be due to changes in the management of the mother-child unit promoted by WHO and UNICEF, and introduced at the Maternity Hospital since 1995.

Resumen. El virus dengue (VD) es responsable de un espectro de enfermedades que van desde una enfermedad febril autolimitante (FD, fiebre por dengue) hasta las formas severas, fiebre hemorrágica/síndrome de shock por dengue (FHD/SSD). El propósito del presente estudio fue la confirmación serológica y molecular de un brote de dengue en el Estado Falcón, Venezuela con la finalidad de confirmar la etiología de la enfermedad, determinar los serotipos infectantes y la relación del diagnóstico clínico con las respuestas inmunitarias en los pacientes con infección activa. Se analizaron 54 sueros de pacientes con diagnóstico clínico de infección por VD, mediante inmunoensayos enzimáticos desarrollados en Venezuela (ELISA, IgM e IgG) y por PCR. El 78% de los pacientes mostró evidencia de infección por VD (PCR+ y/o IgM+), 48% presentaron viremia demostrada por PCR+ y 57% resultaron positivos a IgM, lo que sugiere que un alto número de los casos reportados como dengue en el país se deben efectivamente a la infección por VD. Un hecho resaltante fue el alto porcentaje (76%) de pacientes con infección pasada o secundaria al VD (IgG positivos), dentro de los cuales se encontraban la totalidad de los pacientes diagnosticados clínicamente con FHD (n=8). De los pacientes PCR positivos, el 27% correspondió al serotipo 1, 54% al serotipo 2 y 19% al serotipo 4. Para el momento de esta evaluación no se determinó la presencia del serotipo 3, aunque se conocía de su presencia en la cercana Isla de Aruba. La combinación de métodos serológicos y moleculares nos permitió obtener una información bastante precisa de este brote.

Abstract. Dengue virus (DV) is responsible for a spectrum of diseases, from a self-limited fever disease (DF, dengue fever) to the more severe forms of hemorrhagic fever/dengue shock syndrome (DHF/DSS). The aim of this study was the serological and molecular confirmation of an outbreak of dengue in Falcon state, Venezuela. A total of 54 sera from patients with clinical diagnosis of DV infection were analyzed by an enzyme immunoassays developed in Venezuela (ELISA -IgM e -IgG) and by PCR. From them, 78% exhibited DV infection (PCR+ y/o IgM+), 48% exhibited viremia by PCR and 57% were positive to IgM. An interesting observation was the high percent (76%) of patients with past or secondary infection (IgG positive), which included all the patients exhibiting clinical symptoms of DHF (n=8). From the PCR positive sera, serotype 1 was found in 27%, serotype 2 in 54% and serotype 4 in 19%. No serotype 3 was found circulating in this population, although this serotype was already circulating in the nearby island of Aruba. The combination of serological and molecular methods allow us to obtain a fairly precise information of this outbreak.

Objective. Silent infection by hepatitis B virus (HBV) occurs in the absence of serological markers for the virus. This type of occult infection is generally chronic, asymptomatic, and associated with low levels of viral replication. This study determined the presence of HBV DNA in the sera of blood donors who were negative for serological markers that were tested during screening, with the goal of evaluating the impact of silent HBV infection in posttransfusion hepatitis B in Venezuela. Methods. A total of 2 075 sera were tested in 53 serum pools of 25-50 donations (0.5-1.0 mL from each sample). The pools were subjected to ultracentrifugation prior to DNA extraction by the proteinase K, phenol/chloroform method. Results. No HBV DNA was found in any of the pools by nested polymerase chain reaction, using primers for highly conserved regions of the genes that code for the surface antigen and for the viral capsid. Aminotransferase levels were normal in 98% of 200 sera that were tested. Conclusions. These results suggest that there is a low risk of acquiring posttransfusion hepatitis B in Venezuela.

Objetivo. Detectar la presencia de ADN del VHB en sueros de donantes de sangre negativos en las pruebas de los marcadores serológicos de hepatitis B empleados en el tamizaje, con el fin de evaluar el impacto de la infección silente por VHB sobre la incidencia de hepatitis B postransfusional en Venezuela. Métodos. Los sueros de 2 075 donantes de sangre negativos en las pruebas de los marcadores serológicos pesquisados en bancos de sangre venezolanos fueron analizados en 53 muestras, compuestas por la mezcla de 25-50 donaciones (0,5-1,0 mL de cada suero). Estas fueron sometidos a ultracentrifugación previa a la extracción del ADN viral por el método de proteinasa K-fenol-cloroformo. Resultados. En estas mezclas de sueros no se detectó ADN del VHB en ninguno de dos ensayos anidados de reacción en cadena de la polimerasa, mediante cebadores altamente conservados de las regiones que codifican el antígeno de superficie y de la cápside virales. Se observaron niveles normales de aminotransferasas en 98% de 200 sueros evaluados. Conclusiones. Estos resultados sugieren que el riesgo de adquirir hepatitis B postransfusional en Venezuela es bajo.

The Instituto Venezolano de Investigaciones Cientificas (IVIC) is a government-funded multidisciplinary academic institution dedicated to research, development and technology in many areas of knowledge. Biomedical projects and publications comprise about 40% of the total at IVIC. In this article, we present an overview of some selected research and development projects conducted at IVIC which we believe contain new and important aspects related to malaria, ancylostomiasis, dengue fever, leishmaniasis and tuberculosis. Other projects considered of interest in the general area of tropical medicine are briefly described. This article was prepared as a small contribution to honor and commemorate the centenary of the Instituto Oswaldo Cruz.

In four cities of Venezuela a study was carried out to evaluate the epidemiological, clinical, and etiological characteristics of acute diarrhea in children under 5 years of age. The study was done between June 1993 and May 1995 and involved children who were seen in a hospital, 2 552 with diarrhea and 793 controls. The Fisher exact test was used for the statistical analysis of the results. Rotaviruses were the most important agents, both in terms of their frequency (30%) and their association with dehydration (58%). Following in importance were Campylobacter spp. (13%) and Escherichia coli classical O serogroups (9%), but their association with diarrhea was only statistically significant among children less than 3 months old, a fact that is particularly important from the standpoint of treatment. The importance of age was confirmed as a determining factor in the prevalence and severity of diarrhea.

En cuatro ciudades de Venezuela se llevó a cabo un estudio para evaluar las características epidemiológicas, clínicas y etiológicas de la diarrea aguda en niños menores de 5 años. Entre junio de 1993 y mayo de 1995 se estudiaron 2 552 niños con diarrea y 793 controles que fueron atendidos en el hospital. Para el análisis estadístico de los resultados se empleó la prueba exacta de Fisher. Los rotavirus fueron los agentes más importantes, tanto por su frecuencia (30%) como por su asociación con la deshidratación (58%). Le siguieron en importancia Campylobacter spp. (13%) y Escherichia coli serogrupos O clásicos (9%), pero su asociación con la diarrea solo fue estadísticamente significativa en los niños menores de 3 meses, hecho de particular importancia desde el punto de vista del tratamiento. Se confirmó la importancia de la edad como factor determinante de la prevalencia y gravedad de la diarrea.